Joomla hasta la version 2.5 esta desarrollado sobre Mootools, y si queremos agregar nuestro propio script JQuery podremos tener algunos problemitas por que tanto JQuery como Mootools usan el signo $.
Para resolver este conflicto, solo hay que agregar en nuestro script la sgte linea al inicio:
jQuery.noConflict();
y reemplazar
$(document).ready(function(){
por
jQuery(document).ready(function($){
Como dato adicional, al momento que se llama al archivo JQuery, hacerlo desde las apis de google de la siguiente manera
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
